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对病原体测序以支持动物疾病控制

对病原体测序以支持动物疾病控制

  2019年,口蹄疫暴发,而疫苗无效,使摩洛哥无数的牛、绵羊、猪、山羊和其他蹄类家畜处于危险之中。口蹄疫是具有高度传染性的病毒性疾病,受感染动物会发烧、口蹄上出水泡,可能导致跛行和其他症状,使动物不适合食用,给农民造成损失。原子能机构与粮农组织合作,支持地方当局建设先进分子技术能力,通过开展基因比较分析,选择了一种不同的疫苗,成功结束了疫情。

  诸如导致口蹄疫之类病毒,正在不断演变为新的种类和毒株。疫苗是控制病毒暴发的有效方案,但特定的疫苗只对特定的病毒株有效。了解一种病毒的基因组对于确定最佳疫苗至关重要。

  保护摩洛哥蹄类动物的工作在疫情暴发前两年就开始了,当时卡萨布兰卡国家食品安全办公室的工作人员通过原子能机构的技术合作计划接受了培训,内容包括识别和描述疾病病原体以及指导控制和应对措施。这只是2017年原子能机构-粮农组织基因测序服务建立以来开展的许多培训举措之一。目前,这项服务所提供的支持横跨了亚非拉,为那里的专家使用和了解最新的病原体表征分析技术提供了帮助。

  “描述病原体特征和了解动物疾病和人畜共患疾病的起源对于制定有效的疾病应对措施至关重要。”粮农组织/原子能机构粮农核技术联合中心动物健康技术官员Ivancho Naletoski说。Naletoski一直在带头提供测序服务,为全球科学家构建动物疾病和人畜共患疾病系统发育树培训提供支持。

  系统发育树是说明一种生物体进化过程的分支图,有助于科学家了解一种病毒的不同暴发之间的关系并确定其来源或起源。Naletoski说,系统发育树和深入的遗传分析,有利于当局做出正确选择,使病原体得到控制。“对于决策者而言,掌握试图解决的病毒的准确基因概况非常重要。这些数据可以帮助各国在选择疫苗时节省时间和费用。因此,对我们的服务需求越来越大。”

  支持网络

  迄今,原子能机构-粮农组织的测序服务已收到54种不同动物疾病(如口蹄疫和非洲猪瘟)和人畜共患疾病(如狂犬病、布鲁氏菌病和裂谷热)的4200多份样本和序列。为测序服务网络的数据库作出贡献的科学家来自世界各地的25个实验室,并依靠该服务进行基因测序。

  “基因测序仪的购买和维护可能非常昂贵。对于那些工作量处理非常大的实验室来说,购买一台仪器是有意义的,但对于大多数国家的实验室来说,这是不划算的。”Naletoski说:“我们正在通过提供资源,与成熟的测序公司合作,帮助较贫穷国家的小型实验室减少资本投资并获得与他们利用当地测序硬件所获得的一样的信息。”

  测序服务为网络中的科学家提供试剂和培训,指导他们如何采集高质量样本并准备测序,以及如何进行原始数据处理和系统发育分析。这项服务还有助于协调和支付由专门商业测序实验室进行测序的样本。因此,这项服务对于参与的动物生产和健康实验室而言是公益服务。

  “由于实际测序由第三方进行,因此我们的重点是帮助实验室正确准备样本和解释结果。为此,我们已制定分步走的综合指南,并且在大流行病之前,在世界各地组织了培训活动。”Naletoski解释说,并强调培训期望用户掌握这项服务和样品准备流程,从而培训新的参与者。

  温得和克发现新病毒

  纳米比亚大学高级讲师Umberto Molini是原子能机构-粮农组织测序服务的多产用户和支持者。早在2016年,Molini和温得和克中央兽医实验室就成为这项测序服务的首批用户。Molini说,在过去的五年里,测序服务不仅帮助纳米比亚当局更好地了解了在纳米比亚牲畜和活动中流行的已知病毒的起源和不同毒株,而且还发现了该国未发现的病毒。

  “我们在家猪和疣猪身上发现了猪圆环病毒2型,在牛和羚羊身上发现了D型流感病毒。令人惊讶的是,我们甚至在企鹅身上发现了禽流感。”Molini说。2019年,禽流感大暴发首次袭击了纳米比亚濒危非洲企鹅群体。借助这项服务,Molini成功将这次暴发隔离并定性为H5N8毒株。

  Molini说:“这次暴发导致大约500只企鹅死亡,但在确定了病毒及其毒株后,我们最终确定了所需采取的适当和必要工作,以阻止病毒向家禽传播。”

  虽然H5N8很可能是从迁徙鸟类带到纳米比亚的,但疫情并不总是来自野外。2018年,传染性喉气管炎暴发影响了纳米比亚家禽养殖场的鸡。通过测序服务,Molini发现这次暴发与一种疫苗的不当使用有关,因此能够很容易采取措施阻止病毒传播。“基因测序是防治疾病的一个强大而有洞察力的工具。如果更多国家能够获得并学会如何使用测序,社会就会更好地阻止未来疾病的暴发。”他说。 (文/ Michael Amdi Madsen  图/Freepik.com)

  2019年,禽流感大暴发袭击了纳米比亚濒危非洲企鹅群体。原子能机构-粮农组织的测序服务成功帮助将该疫情定性为H5N8毒株。